潔凈室內潔凈度的維持和控制，除了硬件設備的配合投資外，也需要良好管理制度來搭配，方能維持良好的潔凈度。
一、污染源
潔凈室的污染源可分為外污染源和內污染源。外污染源主要包括空調送風、間隙滲入、建筑物、工作服、風管材料以及供水、溶劑等；而內污染源則包括制造設備、工作人員、工具、加工制造、工作桌、包裝材料等。
二、對污染源的控制，其基本原則有以下四點
1.防止外部塵埃侵入
潔凈室內應保持適當的正壓（＞5Pa）；做好施工工程的不漏氣；人員設備、原材料搬入潔凈室前先做好清潔擦拭等防塵工作，空氣過濾器的管理和設置等。
2.防止室內發塵
主要控制：無塵室的墻、地板等無塵室材料的適當選用、制造設備的發塵控制、潔凈室內的員工管理、潔凈服的管理、使用潔凈室專用器件等。
3.室內發塵不積留
墻壁體應光滑去死角、潔凈室需定期保養和清掃、設備四周應留有空間。
4.及時去除空間塵粒
換氣次數應足夠，適當的空間布置以及污染源接排氣和空調的氣流速度須適當。
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