試劑準備區
儀器設備主要包括冰箱、超凈工作臺、進樣器、混合器、天平和離心機。除特殊應用外，進樣器和天平也應定期校準。試劑包裝必須在潔凈工作臺上完成，擴增反應混合物必須是分子生物學級，試劑配制好后需要進行質量檢測。
標本制備區
儀器設備主要包括生物安全柜、進樣器、離心機、培養箱、混合器等。
擴增區
擴增區主要設備有核酸放大器、超凈工作臺、微量進樣器、離心機、便攜式紫外燈。應校準熱循環儀。配備UPS電源，防止停電時因電壓波動影響放大效果。
分析區
該領域使用的儀器包括酶標儀、洗板機、進樣器、水浴箱等。潔凈實驗區緩沖間的面積不應超過規定主實驗室的八分之一。
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